Ozbiljniji problemi koji se mogu javiti u poljoprivredi prilikom procenjivanja vrednosti osnovnih sredstava javljaju se kod osnovnog stada. Poznato je da su u pitanju živi (biološki) organizmi čije se osobine menjaju tokom korišćenja. U okviru jedne linije proizvodnje istovremeno se javlja više vezanih proizvoda. Takođe se kod jedne linije proizvodnje može javiti i više rasa sa svojim karakterističnim genotipovima. Posebno se ističe proizvodnja mleka i teladi koja je praćena nizom vezanih proizvoda: mleko, prirast, tele i stajnjak. Pošto se tokom veka eksploatacije navedeni proizvodi dobijaju u različitim količinama, neophodno ih je svesti na uslovnu količinu mleka. Ako su poznate cene svih vezanih proizvoda i ukupna količina od svakog, pristupa se utvrđivanju ekvivalenata (npr. 20 kg stajnjaka za 1 litru mleka, 1 kg prirasta za 6 litara mleka, itd.). Nakon toga, procenjeni preostali prinos se stavlja u odnos sa ukupnim prinosom i dolazi se do koeficijenta preostale vrednosti.
Višegodišnji zasadi koji se podižu u okviru poljoprivrednih preduzeća ili gazdinstava su retko predmet kupoprodajnih odnosa. Prema tome, procenjivanje se vrši na osnovu troškova podizanja zasada na dan procene. Na navedeni način se dobija reproduktivna nabavna vrednost. Da bi se došlo do sadašnje reproduktivne vrednosti, potrebno je utvrditi koeficijent preostalog vremena korišćenja i ukupnog vremena korišćenja zasada. U tu svrhu moguće je posmatrati i odnos preostalog i ukupnog prinosa. Ipak, prilikom ove procene potrebno je voditi računa da se voćne vrste međusobno razlikuju, ali da postoje i značajne razlike između sorti u okviru iste biljne vrste. Pored toga, postoje razlike u nivou ulaganja, starosti zasada, uzgojnih oblika i dr. Značajno je voditi računa i o periodima rastuće, pune i opadajuće rodnosti. Ipak, kao najbolje rešenje smatralo bi se izračunavanje koeficijenta preostale korisnosti iz odnosa preostalog i ukupnog prinosa zasada.
Prilikom procene nedovršene proizvodnje i zaliha gotovih proizvoda koriste se nabavne 
cene na dan procene. Za izračunavanje realne cene nedovršene proizvodnje i gotovih proizvoda moraju se pribaviti aktuelne cene za sve utroške, i to počev od cene materijala pa sve do troškova amortizacije i plata na dan procene. Ukoliko se desi da je cena koštanja veća od važeće neto prodajne cene (prodajna cena umanjena za troškove prodaje), primenjuje se niža cena. Međutim, neki poljoprivredni proizvodi nemaju tržišnu cenu pa je potrebno primeniti adekvatan način za njeno utvrđivanje. Naučna praksa preporučuje različite metode za izračunavanje ovih cena. Kao primer se može uzeti stajnjak koji je tipičan proizvod ove kategorije. Procenjivanje stajnjaka vrši se po metodi njegove zamene, odnosno kolika je sredstva potrebno uložiti u nabavku hraniva poznate tržišne vrednosti koje bi u uslovnom smislu moglo zameniti efekat stajnjaka.
Procena ostalih bilansnih pozicija preduzeća koja se bave poljoprivrednom (ali i drugim delatnostima) realizuje se prema specifičnostima svake od tih pozicija. Kratkoročna dinarska potraživanja i hartije od vrednosti se procenjuju po nominalnoj vrednosti, dok za devizna potraživanja važi aktuelan kurs. Prilikom procene vrednosti obaveza polazi se od pune računovodstvene vrednosti. Dobro bi bilo proveriti tačnost knjiženja obaveza jer su značajna za projektovanje budućeg poslovanja privrednog subjekta . U okviru ove bilansne pozicije posebna pažnja se poklanja obavezema prema poslovnim bankama. Isticanje ove vrste obaveza je iz razloga kako bi lica koja vrše procenjivanje obratila pažnju na često odstupanje stvarnih u odnosu na računovodstvene obaveze. To se dešava zato što mnoga preduzeća obračun kamata uvode u računovodstvenu evidenciju tek po njihovom plaćanju. Izuzetak u ovom smislu čine obaveze pravnih lica prema javnim prihodima, Agenciji za stečaj i sanaciju banaka i Republičkoj direkciji za robne rezerve. Nakon prodaje preduzeća, navedene obaveze se nadoknađuju iz prodajne cene.
